Segunda etapa de la Independencia: Morelos

Tras la muerte de Hidalgo, Lopez Rayon reunio las tropas insurgentes que estaban dispersa. En Zitacuaro expide un Manifiesto a la Nacion, donde sigue defendiendo la idea de que la Corona española gobierne la Nueva España.
Nombrado en vida por Miguel Hidalgo como lugarmente para que organizara las tropas en el sur, Jose Maria Morelos y Pavon, ejemplar estratega y singular politico, formo ejercitos agiles que pudieran actuar simultaneamente.Gracias a sus aptitudes como militar recibe dinero para la causa insurgente, el cual maneja de manera ejemplar. Morelos intento controlar Acapulco, lugar clave porque desde ahi se controlaba el trafico comercial con Asia. Mientras tanto, tambien ocupaba Chilapa y Chilpancingo, en Guerrero, lugares donde entrenaban sus ejercitos. Morelos tenia cuatro hombres importantes: Miguel Bravo y ValerioTrujillo, que intentaban ocupar Oaxaca; y los hermanos Galeana, que pretendian llegar al valle de Mexico.

Morelos se traslada a Cuautla, toma la ciudad y resiste con bravura las acometidas de las tropas de Calleja. En este lugarse les unen Jose Manuel Herrera y Mariano Matamoros. Rompe el sitio y vuelve a Chilapa. Restablecido el ejercito, marcha a Oaxaca y establece un cuartel en Tehuacan, Puebla, lugar estrategico que esta en el paso entre Veracruz y las ciudades de Mexico y Puebla. Por fin, en 1813, logra tomar Acapulco.
Ese mismo año, Calleja es nombrado virrey y Morelos instala el Congreso en Chilpancingo, donde se crea una Carta Magna que declara la Independencia, ademas de que garantiza derechos politicos y economicos al pueblo, sin distincion de clases ni castas, declara abolida la esclavitud y asegura que la tierra volvera a sus propietarios originales.

En ese congreso Morelos llega a ser reconocido como el "Siervo de la Nacion". A pesar de que parece haber conseguido el exito politico, sus aliados no se comprometen enteramente con la causa.
La persecucion de Calleja no cesa y el Congreso cambia de sede. Varios sitios ocupados por el ejercito de Morelos son retomados por las fuerzas realistas y el se ve obligado a huir. Finalmente, Morelos cae en combate en las inmediaciones de Puebla y Guerrero. Herido, Morelos es aprehendido y hecho prisionero. Se le traslada a la Ciudad de Mexico donde va a ser juzgado por un tribunal eclesiastico, pues la iglesia lo concideraba un hereje. Es condenado a muerte y finalmente fusilado el 22 de diciembre de 1815 en San Cristobal Ecatepec. Con su muerte se pierde al mas eficaz jefe militar y politico del movimento de Independencia.
Las tropas insurgentes sufren un vacio de poder.